私も経験あります。
ま、付き合いが長いこともありますが、中古車買って初めて洗車して違和感を感じて診てもらい、凹みを治してもらいました。初めは無かったのでしっかり診て、販売側のミスによるものと判明したからしっかり治してもらいました。
また私も代車のジャスティーのバンパーが低くて車止にすったこともあります。しっかり報告しました。
信頼関係はここにも必要だと思いますから遠慮なく言って良い繋がりを作れば良いと思います。

整備工場の人が棄損したんですから、棄損した側が修理するのはあたりのことかと。
「傷ついてるんで直しておきますね。お代は結構です」ということなら別ですが。
投稿者さんが恐縮する必要はまったくないです。
堂々と元通りに直してもらいましょう。

難しい事例だと思うけど、､。
私の体験を，話しますね。
新車点検で運転席ドアにエクボで、デントリペアしてもらいました。
その後12ヶ月にスタッドレスタイヤ交換でホィールナット穴に螺旋状の削りキズで直してもらって。
24ヶ月には夏タイヤを新品に付け替えでホィールを歪ませて廃盤だった為、新品ホィール4本全交換。
車検時に室内清掃で液体芳香剤を逆さまに付け替えて液だれしてナビゲーションがお亡くなりに。ナビゲーションとカカザンドライビンググローブを新品交換しています。
他にもエンジンルームに+ドライバーを置き忘れたり、バンパー外してホーンの配線付け忘れたり、ステアリング軸をずらしてセットしてトラクションコントロールが誤作動して車がスピンするようになって真っ直ぐに走らなくなったり、シートベルトキャッチャーのボルトの滑り止めワッシャーつけ忘れでシートベルトキャッチャーが欠落してシートベルト出来なくなったりと色々とやらかしてくれてますよ(笑)
それでもフロントのチーフ、チーフメカニックと、問題が，あるたびに更に仲良くなって来ました。
人間同士ですからミスもあるけどミスした後の姿勢が大切なんだと思っています。スバルはその辺真摯に向き合ってくれる良い会社ですよ。他社ではそこまでしてもらえませんでしたから。
参考になるかわかりませんが、私の体験です。